Výskumná agentúra oslavuje 10 rokov svojej pôsobnosti v oblasti implementácie projektov z fondov Európskej únie (EÚ). Počas dekády svojej existencie sa podieľala a v súčasnej dobe stále podieľa na implementácii finančných prostriedkov z troch operačných programov. Od 28. novembra 2016 sa navyše stala správcom programu pre rozvoj obchodu, inovácií a malého a stredného podnikania v rámci Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru a Nórskeho finančného mechanizmu na roky 2014 – 2021.
Agentúra vznikla v januári 2007 ako Agentúra Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR pre štrukturálne fondy EÚ.Svoj názov zmenila na Výskumnú agentúru na začiatku júla 2015.V uplynulom programovom období 2007–2013 mala vo svojej agende implementáciu projektov v rámci operačného programu Vzdelávanie (OPV) a operačného programu Výskum a vývoj (OPVaV). Pre oba operačné programy bolo celkovo vyhlásených 63 dopytovo-orientovaných výziev. Prostredníctvom nich sa podarilo zazmluvniť približne 1000 projektov v prípade OPV a takmer 500 projektov v rámci OPVaV. Rukami pracovníkov prešlo takmer 2900 žiadostí o nenávratný finančný príspevok (NFP) z oblasti vzdelávania a 1300 z oblasti výskumu a vývoja. Pre žiadateľov a prijímateľov NFP bolo v regiónoch celého Slovenska zorganizovaných takmer 250 informačných seminárov, konferencií a workshopov, na ktorých sa celkovo zúčastnilo asi 16 tisíc ľudí. Pre oba operačné programy bolo v regiónoch k dispozícii odborné poradenstvo, prostredníctvom ktorého sa počas celého programového obdobia podarilo uskutočniť desiatky tisíc telefonických, mailových a osobných konzultácií.
V programovom období 2014–2020 je Výskumnáagentúra sprostredkovateľským orgánom pre operačný program Výskum a inovácie (OPVaI). Zodpovedá tak za implementáciu viac ako 900 miliónov eur z celkovej alokácie prevyšujúcej 2,2 miliardy eur vyčlenenej pre OPVaI. Agentúra je gestorom agendy implementácie dopytovo-orientovaných projektov, rozšírenej o národné a medzinárodné projekty, v súlade so Stratégiou výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu SR. Financie na projekty pochádzajú z Európskeho fondu regionálneho rozvoja.
Ďalšie informácie k operačnému programu Výskum a inovácie je možné nájsť na webovom sídle www.opvai.sk a na www.vyskumnaagentura.sk.